Năm 1990 ông chuyển công tác về Văn phòng Quốc hội tại Hà Nội, làm Phó Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế Ngân sách.

Tại Đại hội Đảng Cộng sản Việt Nam VII, Đại hội Đảng Cộng sản Việt Nam VIII ông được bầu vào Ban Chấp hành Trung ương,

Tại Quốc hội khóa IX, ông được bầu làm Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Ngân sách của Quốc hội, Ủy viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội.[4] Ngày 23-6-1994, căn cứ Tờ trình của Ủy ban Thường vụ Quốc hội và biên bản kết quả bỏ phiếu ngày 18-6-1994, Quốc hội thông qua Nghị quyết về việc ông Mai Thúc Lân được thôi giữ các chức vụ Ủy viên Ủy ban Thường vụ Quốc hội, Chủ nhiệm Ủy ban Kinh tế và Ngân sách của Quốc hội để nhận công tác khác.